首先，从定义上来看，等保三级和二级在保护对象、保护要求和测评内容等方面存在明显差异。等保二级主要适用于一般的信息系统，其保护要求相对较低，主要关注信息系统的基本安全，如身份鉴别、访问控制、安全审计等方面。而等保三级则适用于较为重要的信息系统，其保护要求更为严格，不仅要求信息系统具备基本的安全保护能力，还需要考虑系统的可用性、完整性和保密性等方面的要求。
其次，从测评内容来看，等保三级和二级也存在较大差异。等保二级的测评内容主要关注信息系统的安全技术要求，包括物理安全、网络安全、主机安全、应用安全等方面。而等保三级的测评内容则更为全面，不仅包含安全技术要求，还涵盖了安全管理要求，如安全管理制度、人员管理、培训教育等方面。这充分说明了等保三级在保护信息系统安全方面的全面性和深入性。
再次，从实际应用来看，等保三级和二级的选择也需根据具体情况而定。对于一些一般性的信息系统，如企事业单位的办公系统、小型网站等，选择等保二级即可满足基本的安全需求。但对于一些关键的信息系统，如银行、电信、能源等行业的核心系统，由于其涉及的数据和业务具有极高的重要性，因此选择等保三级更为合适。
此外，值得注意的是，等保三级和二级并不是孤立的等级，它们与其他等级之间存在一定的联系和区别。例如，等保一级主要关注信息系统的基本安全需求，而等保四级和五级则适用于更为重要的信息系统，其保护要求更为严格和全面。因此，在实际应用中，需要根据信息系统的实际情况选择合适的等级进行保护。
综上所述，等保三级相对于等保二级在保护要求、测评内容等方面更为严格和全面。但具体选择哪个等级进行保护还需根据信息系统的实际情况和需求进行综合考虑。对于一般性的信息系统，选择等保二级即可满足基本的安全需求；而对于关键的信息系统，选择等保三级则更为合适。
